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某房地產開發企業2010年取得一宗開發用地，建設、規劃等政府行政管理部門批準該項目的建筑容積率為2.5，單套建筑面積在80至100平米之間，總可售建筑面積為4.5萬平米，共500套。

2010年8月首次推出200套，可售面積為1.8萬平米，單位面積最低售價7700元，本年底售完；2011年7月推出200套，可售面積為1.8萬平米，平均單位面積售價8000元，也于當年售完；2012年8月，企業推出最后剩余的房源100套，可售面積為0.9萬平米，平均單位面積售價8000元，于2013年上半年銷售完畢。

當地政府相關部門規定的“普通住宅”條件是：建筑容積率在1.0以上、單套建筑面積在120平方米以下、實際成交價格為同級別住房平均交易價格的1.2倍以下，于銷售合同簽訂并在房地產管理部門備案時確認。分期公布的平均交易價格是：2010年下半年為每平米6300元；2011年下半年為每平米7100元；2012年下半年和2013年上半年均為每平米7300元。

2013年底完成項目結算并達到了土地增值稅應清算條件。2014年5月，企業向主管稅務機關提交了自行清算報告和清算所需的相關資料。自行清算結果是：項目總收入為35460萬，扣除項目總額30033.85萬，項目增值率為18%，并以“普通住宅”為由申請免征項目土地增值稅。

主管稅務機關受理后，根據企業提供的建設、規劃相關資料、銷售發票、銷售合同、土地取得及各類建造合同及結算等資料進行了詳細的數據審核，認定該企業申報所列收入、扣除項目金額等計算正確。但在分項審核時，認定該項目2010年首次銷售的200套房屋不符合普通住宅標準，應按規定繳納土地增值稅560余萬元，其余銷售部分符合土地增值稅的免稅條件。

從本案例來看，在稅收優惠政策的實際運用上，稅企雙方在哪些事項出現差異？稅法專家認為，要回答這個問題，必須從以下三個方面來厘清：

一、“普通住宅”標準與稅收上的認定

“普通住宅”標準，按照《財政部、國家稅務總局關于土地增值稅若干問題的通知》財稅[2006]21號文規定，按各省、自治區、直轄市人民政府根據《國務院辦公廳轉發建設部等部門關于做好穩定住房價格工作意見的通知》（國辦發[2005]26號）制定并對社會公布的執行。對此，各地政府相關部門都根據當地不同時期的不同情況，分期制定出了明確具體的認定標準。總的來說，“普通住宅”必須同時符合以下三個硬性標準，即項目容積率、單套建筑面積和銷售價格在政府相關部門公布的市場銷售平均指導價格的浮動上限范圍內。而在稅收政策的認定上，除了要執行上述標準外，還要符合增值率不超過20%的規定，否則，也不屬于普通住宅。

二、普通或非普通住宅的具體認定時間

對于一個開發項目來講，其容積率、單套建筑面積已在開發前確定，而平均指導價是隨不同時期、不同宏觀調控政策調整而變動的。因此，政府相關部門時時公布的市場指導價格與企業實際銷售價格的比對就成為了能否享受土地增值稅優惠的一個重要判斷依據了。

在普通或非普通住宅的認定時間上，稅務機關是按照相關稅收政策規定，結合購銷雙方所簽訂的銷售合同并在房地產登記管理部門登記備案的時間作為房屋在稅收上確認的銷售時間，與此時段政府相關部門公布的市場指導價來“分段”辨別認定，只要銷售成立，銷售的是普通或非普通住宅就已確定。該企業2010年首次銷售的200套，每套房屋的單位面積售價超過了當地政府相關部門當期公布的市場指導價6300元的1.2倍即7560元的標準，屬于非普通住宅。

該企業是以清算項目在清算時點上所計算的平均單位價格與清算時點政府相關部門公布的市場交易平均指導價來確認，屬于政策適用錯誤。

三、關于土地增值稅的計算

土地增值稅相關政策明確規定，清算項目中同時包含普通住宅和非普通住宅的，應分別計算增值額。同時，在清算審核時，應審核不同類型房產是否分別計算增值額、增值率，繳納土地增值稅。各地稅務機關對此也都規定了明確的分類計算標準。

在具體實務操作中，按照相關稅收政策的規定，對一個清算項目，容積率、單套建筑面積都符合普通住宅標準，但在項目清算時，還要根據企業不同時期的銷售情況與銷售備案當時政府相關部門公布的市場指導價進行比對判斷，對于價格超過規定浮動上限標準的，作為“非普通住宅”進行歸類，最終按清算項目的“分類”分別計算增值額、增值率。對符合相關部門規定“三條件”的，并經“分類”計算確認也符合增值率不超過20%的普通住宅類型，準予其享受稅收優惠政策。

而該企業則是按照整體項目清算情況來確認是否征免稅，也屬政策適用錯誤。

以上三點，回答了本案例稅企之間的差異問題，因此，主管稅務機關的處理是正確的。